充分に成長した冬虫夏草は、成長容器から取り出され、乾燥のプロセスに移行していきます。乾燥した津和野式冬虫夏草は提携する製薬会社の工場に送られ健康食品などの原料素材用として、粉砕・滅菌処理がなされます。その後、工場の検査設備で大腸菌群や重金属、ヒ素などの有無が確認され梱包されます。

冬虫夏草の子実体は捻れ、曲がって育つために、発生容器の中では個々の子実体が絡み合って成長しています。粉砕・滅菌用には、このまま乾燥処理がかけられますが、料理店や漢方薬局に出荷される津和野式冬虫夏草は、一つ一つの形態も品質に関わります。そのため、一部の津和野式冬虫夏草は収穫後に人の手によって丁寧にほぐされてから乾燥処理がかけられます。

一部の津和野式冬虫夏草は乾燥されず生のまま食材として中華料理店などへ出荷されます。天然の冬虫夏草は全て乾燥された状態で流通されます。また、生の冬虫夏草は冷凍保存をすると黒く変色してしまうため、収穫時期が限られた非常に珍しい食材と言えます。